要获得芝麻优质高产，除使用优良品种外，还要进行科学合理的追肥，具体是：
苗期由于底施氮肥过多容易使幼苗旺长，形成高脚苗，因此芝麻苗期一般只用部分氮肥作底肥。群众有“看苗追肥”的说法。在苗势很差或幼苗大小相差较大时，可先少量追施提苗肥，以稀释腐熟的人粪尿或尿素效果较好。因为此时芝麻根系较浅，施肥时应尽量浅施。
现蕾期芝麻现蕾期正是花芽分化时期，芝麻营养生长和生殖生长同时并进，此时追肥效果最好。追肥应以氮肥为主，磷、钾肥为辅。在缺硼的地区应施用硼肥。
开花期芝麻进入开花期生长最迅速，此期吸收的营养物质占整个生育期间的70%～80%。为了能满足植株生长发育的需要，使芝麻生长旺盛，积累更多的光合产物，增加花蒴的数量，后期稳长不早衰，使籽粒充实饱满，必须重施花肥。此时侧根已开始大量形成，根系的吸收能力增强，植株的生长速度加快，对养分的需求量也显著增加。施肥时以化肥较为方便，也可施用腐熟的饼肥、粪肥、厩肥等。