发生在主干基部的腐烂病对苹果树体危害较大，根基出问题搞不好会直接导致整棵树死亡。遇到这种情况，刮治病斑和对树干涂药是必须的。
近年的研究发现，中后期的腐烂病病斑都有病菌在组织内扩散的现象。因此，虽然表面的病斑已经过刮治，但是还要防范以后复发。裸露的疮面因散失水分会使树势下降，极易导致腐烂病的复发。建议在刮治和涂药以后，对树体基部进行培土掩埋，将裸露的疮面完全埋在土下。掩埋时要培足够宽和厚的土，以免冬季在树干基部发生冻害。以后主干基部长出幼枝，可通过桥接增强树势。