1.高脚菇。菌盖小，分化较差，菇柄较长。发生的原因是原基形成及分化期菇房缺氧、光照不足、温度偏高，影响了菌盖的正常分化和发育。防治方法：加强通风，调节光照和温度。
2.瘤盖菇。菌盖表现主要是边缘有许多颗粒状突起、色浅、菇盖僵硬、生长迟缓，严重时菇盖分化较差，形状不规则。发生原因是菇体发育时温度过低，持续时间较长，致使内外层细胞生长失调。防治方法：调节菇房温度在平菇生长最低温界限以上，并有一定温差，促进菇体生长、发育、分化。
3.菜花菇。菇形像菜花，多分枝。发生原因是出菇前或出菇期间菇床或菇房喷洒了高浓度的农药，幼菇极敏感最易引起这种病害。也可能是菇房含有其他有害气体，如二氧化碳浓度过高、燃煤释放二氧化硫等。防治方法：菇房慎用农药，使用时浓度不可过高。
4.萎缩菇。菇体发育初期正常，在膨大期即泛黄、水肿状或干缩状，而停止生长，最后变软腐烂。水肿状原因是湿度过大或有较多的水直接喷在幼小菇体上，使菇组织吸水，影响呼吸及代谢而停止生长死亡。干缩状是因为空气相对湿度较小，通风过强，风直接吹在菇体上，使平菇失水而死亡。或者培养基营养失调，形成大量原基后，有部分迅速生长，其余由于营养供应不足而停滞。防治方法：选用优良品种。
5.珊瑚菇。原基分化不正常、松散、多细小分支，形状像珊瑚。防治方法：加强通风和光照调节碳氮比例，添加氮源。