我国常用的核桃砧木主要有核桃、核桃楸、野核桃等。用核桃（共砧）作砧木，具有嫁接成活率高、愈合牢固等特点，应用最为普遍。核桃楸主要分布在我国东北和华北，其根系发达、适应性强、耐寒、耐旱和耐瘠薄，但嫁接成活率和成活后的保存率不如核桃砧。野核桃主要分布在江苏、安徽、浙江、湖北、四川、贵州、云南、甘肃、陕西等地，是适合当地环境条件的核桃砧木。
种子质量直接关系到砧木苗的长势。应选择丰产、优质、抗逆性强、生产健壮、无严重病虫害、坚果种仁饱满的盛果期树作为采种母树。采种应在坚果充分成熟后进行。充分成熟核桃种子的外部形态特征是青皮由绿变黄并出现裂缝，青皮与坚果（种子）易分离。作为播种用的种子，可在全树核桃青皮开裂率达到30%以上时采收。华北地区应在白露（9月20日）前后采收。
作为播种用的核桃种子，不宜漂白处理，否则影响出苗率。用作秋播的种子不必长时间贮藏，晾晒也不必干透。春播用的核桃种子，应在充分干燥（含水量低于8%）后，进行干燥贮藏或湿沙层积贮藏。隔年或多年的核桃种子，因丧失生命力而不能作为种用。