萝卜病害主要是病毒病和黑腐病。病毒病至今无特效药剂，主要办法是治蚜，防止高温干旱。黑腐病是由黑腐菌引起的病害，主要症状是根部中心变黑以及肉质根的维管束变黑腐烂。病菌在种子、病株残体上越冬，借雨水和昆虫传播。应选用抗病品种，一般青萝卜轻，白萝卜重，也可用50℃温汤浸种30分钟，或福美双100倍液浸种2小时，可喷洒800倍液代森铵等。
另外，还有软腐病、霜霉病、白斑病等，主要也是通过选用抗病品种，深沟高畦，控水灭虫等综合办法防治。萝卜虫害有黄条跳甲、小地老虎、菜青虫(菜白蝶幼虫)和钻心虫(菜螟幼虫)等。黄条跳甲成虫可用90%敌百虫1000倍液打药防治，幼虫可在灌水后再用上述药液灌浇。小地老虎可用20%杀灭菊酯乳剂8000倍液喷洒，也可堆草诱杀，将菜叶打碎，喷上90%晶制敌百虫400-500倍液，傍晚散放在根旁，杀虫效果很好。