选用适合当地栽培的抗番茄黄化曲叶病毒病的番茄品种是最有效的防控措施。目前抗黄化曲叶病毒病的番茄品种有：佳丽、阿库拉，佳美、欧宫、迪芬尼、齐达利、浙粉702、苏红10号、苏粉12号、金陵甜玉(樱桃番茄)、佳红8号、申粉V-1等。
育苗棚与生产棚分开，育苗前彻底清除苗床及周围病虫、杂草，育苗棚可用敌敌畏烟剂密闭熏蒸，减少虫源和中间寄主，高温季节还可以利用覆盖薄膜高温闷棚方法除掉残余虫源。
使用隔离网室育苗，防止烟粉虱成虫迁入。每10平方米苗床悬挂1-2块黄色粘虫色板进行监测、诱杀成虫，如有烟粉虱成虫进入番茄苗床，及时用药进行灭杀防治。移栽前2-3天用噻虫嗪或吡虫啉，对苗床幼苗进行喷淋(使部分药液流渗到土壤中)，以避免在操作过程中将烟粉虱带入定植棚内。
定植前清洁田园，在移栽前7-10天，清理定植棚室内外的残枝落叶和杂草。全程应用黄板和防虫网，防止外界烟粉虱传入，安装防虫网后可采用敌敌畏烟剂密闭熏蒸，彻底杀灭棚内烟粉虱，然后再定植生产，以保证无虫定植；定植后在温室内每50平方米悬挂1-2块黄色粘虫色板进行监测和诱杀烟粉虱成虫。