杂菌是指生活在天麻栽培穴中，可引起天麻块垄腐烂的病菌。天麻的杂菌种类较多，多为霉菌和担子菌引起的病害，主要有块茎黑腐病、块茎诱腐病、白环锈伞。有些杂菌的菌索呈红色，易与蜜环菌混淆，应注意鉴别。
防治方法：目前主要采取综合防治措施，尽量避免和减少杂菌感染。
1、严格控制土壤湿度，宜选择排水良好的砂质壤土栽种，干旱时浇水要均匀适度。
2、培养或选购优质纯菌种，加大接种量，使蜜环菌旺盛生长，从而抑制杂菌生长。
3、段木要新鲜，可日晒2~3日再用；菌材污染重者不宜使用。
4、培养料和填充料要减少污染，最好堆积、消毒、晾晒，菌材空隙要填实，以免留空滋生杂菌。
5、严格选种，种麻应完整、无破伤、色泽新鲜、无病害。
6、每窖菌材量不宜过大，以免污染后全部报废。