首先，移苗伤根，苗期延长，易导致根系老化，再生能力减弱，影响定植后苗子的长势。苗期是根系最为娇嫩、脆弱的时期，移苗过程中虽然育苗土松软，断根较少，但根系仍然会受到很大的伤害。移苗延长了苗龄，容易导致根系老化，再生能力减弱，定植后生长慢，长势弱。
其次，移苗时根系、茎秆上容易形成伤口，影响苗子的抗病性。近年来，根部病害成为制约蔬菜生产最重要的病害。蔬菜移苗时，根系受伤不可避免，形成的伤口就成为了病原菌侵染的绝佳场所，易导致病害发生。同时，辣椒苗子茎秆上的细毛，对减少病原传播、侵染起到了很重要的作用。而移苗时不可避免会伤及茎秆上的细毛，导致植株抗病性降低，病害发生可能加大。
另外，花芽分化大受影响。多数蔬菜的花芽分化多从2-4片真叶期就开始进行，期间若遇伤根、病害等问题，势必会影响根系对水分、养分的吸收和叶片的光合作用，导致植株得不到足够的营养，花芽分化延迟、分化差，定植后前期畸形果多、产量低。
小苗定植对蔬菜生长发育更有利。菜农下种或定苗前一定要计算好时间，不可过早，以免定植前苗子过大，不得不进行控长，影响苗子定植后的生长发育。若苗子确实较大了，一时又无法定植，可以先将穴盘内的苗子移植到营养钵内，通过控大其生长空间和营养范围来助其生长，延长苗龄。