1.选用抗病品种。
2.适当调整播期，提高播种质量。适当推迟播期，待地温上升后开始播种。播种过早，由于地温低而使种子长期处于湿冷状态，种子没有活力，病菌易于侵入。同时，可促玉米进快出苗、出壮苗，减少病原菌的侵染机会，提高植株的抗病能力。
3.晒种。播种选择晴天把种子晒2-3天，杀死种子表面病菌，提高种子内酶的活性，提高发芽率，可提早出苗2-3天，减少玉米丝黑穗病侵染的机会，降低发病率。
4.在发现病株后要及时拔除病株和摘除病瘤，并移到田外深埋，减少菌源。
5.药剂防治。坚持在播前用药剂处理种子，最常用的种子处理方法是种子包衣，所选用的种衣剂要含有戊唑醉、烯唑醇等杀菌剂，也可用15％三唑酮可湿性粉剂或50％甲基硫菌灵可湿性粉剂按种子重量的0.3％～0.5％拌种。拌种后3-5天播种。