龙眼的根系发达，生活力强，其分布范围因土壤、地下水位和管理措施的不同而异。在土层深厚、地下水位较低的红壤山地，龙眼根垂直分布可达3米以上。龙眼的大部分根系分布在10～90厘米深的土壤中。若地下水位高或有硬土层，其垂直根入土深度受到限制，浅的仅0.35米。侧根的水平分布面积为树冠的1～3倍，但80%根系分布在树冠扩展的范围内。

　　龙眼幼嫩根色浅，老的菌根或菌根基部呈黄褐色。其形态为总状分枝式。吸收根上有菌根共生，无根毛。菌根的存在是龙眼适应红壤山地干旱、贫瘠等恶劣环境的重要原因。它能够改善根部吸收养分的能力，尤其增强对磷的吸收；菌根吸水能力强，能够在萎蔫系数下从土壤中吸收水分，增强龙眼抗旱能力。

　　龙眼成年树周年有3～4次生长高峰，而且新根和新梢生长有交替现象。据对福建省莆田地区30年生乌龙岭品种观察，全年均有吸收根生长活动。4月中旬至5月上旬花穗迅速形成和开花期间，吸收根生长数量少；6月上旬第一次早夏梢已充实时，吸收根数量明显增加；8月上旬秋梢发生前、采果后至10月上中旬新根数量均有明显增加。土壤含水量也对根系的生长有很大的影响。土壤水分充足，根系生长良好。如6～7月份干旱，根系生长相对减少，甚至停止生长。新根的生长还与开花结果量、树势强弱、管理水平等有关。幼年树新根生长量多，成年树生长量少。在挂果期间新根生长受影响，采果后新根生长才有回升的趋势。采用合理的果园耕作、间作套种、增施有机肥等措施，能切断一部分老根，改进土壤理化性质，促进新根旺盛生长。成年树疏折花穗也能明显增加新根生长量，据观察中度疏折花穗比不疏折花穗的根系生长量约增加1倍。