食用菌栽培传统的地域是山清水秀的山区、林区，使用原料是农林下脚料，而且有的还经过高温灭菌，浇喷的水是山泉水，其栽培产品一般为无公害食品，这是事实存在的一面，也是与其他农产品相比较所表现出来的优势。但是，另一方面随着食用菌种植品种的增加，利用于栽培资源种类的拓宽，栽培面积的扩大和栽培地域的扩展，食用菌栽培受污染的事件时有发生，特别我国加入WTO后，许多产品要经受国际市场的严格检验。国内市场也要实行食品市场准入制。对此食用菌栽培应从一开始就要加以慎重对待，谨防各种可能造成产品污染的机会。
1.栽培场周边环境选择;在现今乡镇企业不断发展，乡镇不断城市化的情况下食用菌栽培场应选在远离可能造成污染的地方，周边环境符合食品卫生要求，对人体健康无危害，没有污染源和尘土。在城镇周边选择栽培场，更要注意远离人口密集的居民点和公路主干道，还要防止城市生活垃圾有害废气、废水及过多的人群活动造成的污染。
2．地形地貌的选择食用菌栽培场的理想场所应选择在坐北朝南、地势开阔、水源干净、栽培资源丰富的地方。座北朝南，地势开阔有利于空气流通，有利于好气性食用菌生长繁殖；水源要符合饮用水的标准。