堆藏法，选择通风良好、场地干燥的仓库，先用福尔马林和高锰酸钾混合熏蒸消毒，之后，将马铃薯入仓，一般每平方米堆750公斤，高约1.5米，周围用板条箱、箩筐或木板围好，中间放若干竹制通气筒。此法适于短期贮藏和秋马铃薯的贮藏。
通风库贮藏法，将马铃薯装筐堆码于库内，每筐约25公斤，垛高以5至6筐为宜。此外还可散堆在库内，堆高1.3至1.7米，薯堆与库顶之间至少要留60至80厘米的空间。薯堆中每隔2至3米放一个通气筒，还可在薯堆底部设通风道与通气筒连接，并用鼓风机吹入冷风。秋季和初冬，夜间打开通风系统，让冷空气进入，白天则关闭，阻止热空气进入，冬季注意保温，必要时还要加温。春季气温回升后，则采用夜间短时间放风、白天关闭的方法以缓和库温的上升。
药物贮藏法，贮藏中采用青鲜素（MH）或萘乙酸甲酯等药剂处理，可以抑制或减少发芽，还能抑制病原微生物的繁殖，并能防腐。
药物处理的时间以收获后两个月左右比较适宜（即在休眠期）。否则经过休眠期开始萌芽的马铃薯，即使用药物处理；仍不能抑制发芽。