由于菠菜植株的性型比较复杂，故应注意掌握好留种的技术。
菠菜植株的性型大致可分为以下四种：一是绝对雄株，只开雄花。二是营养雄株，只开雄花，与绝对雄株比较，基生叶较大，抽薹较迟。三是雌株，仅开雌花，抽薹较雄株迟。四是雌雄同株，同一植株开雌花和雄花，或开两性花，花期与雌株相接近。
当发现留种田内有部分植株开始抽薹时，即应将绝对雄株和抽薹早的雌株，以及病株、弱株、杂种株等及早拔除，并随即追肥一次，以促使种株多发分枝。以后还应陆续拔除一部分营养雄株，通常每平方米面积只需留下3-5株与雌株同时开花的营养雄株便可（供授粉用）。待雌株结籽后，即可把全部营养雄株拔除。
当植株茎叶大部分已枯黄，果皮转呈黄绿色时，便可收割种株，经堆放3-5天，让其进行后熟，然后再进行脱粒、晾干贮藏。
菠菜杂交种子生产，一般宜采用父、母本为1∶4行的种植方式，但需注意不断地将母本行中的所有雄株和两性株、以及父本行中的雌株和两性株，及时全部拔除干净。