小麦赤霉病的发生受多方因素影响，首先是越冬菌源数量，第二年春季气候条件和小麦品种开花、品种抗病性强弱和栽培条件等，这些因素互相作用，影响病害发生和流行程度。
降低麦田湿度。小麦抽穗开花，若遇多雨天气，麦田排水不畅，地势低洼，土表基质产生的病菌孢子数量多，田间湿度大，麦株抗病减弱，有利于病菌侵入和蔓延。
健全麦田沟系。麦田开好垄沟、围沟和外排水沟“三沟”，战胜地表水、潜层水和地下水“三水”，降低赤霉病发生。
抓准药防时机。抽穗开花时注意收听当地的气象预报，若日平均气温在15℃以上，连续3天降水50毫米时，要抢在雨前喷药。
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