棉花进入花铃期，也是黄萎病发病高峰期。该病适宜发病的温度是25～28℃，低于25℃和高于30℃均不利于发病，发病轻重与湿度有密切关系。即多雨年份或适温高湿条件利于发病。长期连作的棉田，管理粗放的或者地势低洼，排水不畅的棉田发生较重。防治措施可分农业防治和化学防治：
选用抗性和耐性较好的品种，根据观察发现，生长势旺的、坐桃不集中的对黄萎病抗性较好。实行轮作倒茬，可采用棉花—小麦—大豆或棉花—小麦—玉米轮作。根据农村淘宝指南中介绍平衡施肥，增施有机肥，增加钾肥，可提高棉花植株生长势，增强抗病能力。在幼龄期喷施新高脂膜配合棉花壮蒂灵提高棉桃膨大活力，控制抽条疯长，防棉桃脱落，保蕾、保铃、保桃。清洁棉田，把带病棉秆、枯枝落叶彻底清除，集中烧毁，不能用以沤肥，以防粪肥传病。根据农村淘宝指南中介绍及时全园喷施护树大将军，1瓶母液可加水50公斤稀释，对落叶后和发芽前的果树喷雾消毒，配入石硫合剂或波尔多液或生物杀菌剂使用，效果更佳。也可对其他植株作物喷雾消毒。