芹菜适宜多施氮肥，但不宜追施尿素。芹菜在整个生长期间需要大量氮素肥料，追肥要以碳酸氢铵为主。做到少量多次，一般需追肥2-3次。但要注意，芹菜不宜追施尿素，因为芹菜追施尿素后生长反而缓慢，纤维素增多，植株容易老化，品质降低，食用时带有苦味。
追施有机肥，可提高芹菜品质。追施沤制腐熟的鸡鸭等家禽有机肥，芹菜植株柔嫩粗壮，纤维减少，品质和产量大大提高。但没有腐熟的农家有机肥不可作追肥施用，以免引起烧蔸烂根。
补施微肥，可防芹菜生理病害。缺钙会引起芹菜“烧心”，缺硼则会引起芹菜空心、叶柄开裂等生理病害。叶面喷施0.5%氯化钙或硝酸钙水溶液，可防止芹菜“烧心”。为防止芹菜空心、叶柄开裂，可每亩基施硼砂0.5-0.75公斤，或用0.3%-0.5%硼砂溶液叶面喷施。