黄花菜施冬肥是生长期中的最重要的一次施肥，对来年黄花菜产量影响极大。黄花菜秋苗经霜冻凋萎后，短缩茎和根系进入越冬阶段。此阶段重施有机肥对提高土温、保温防冻、促进根系生长有很大作用，也有利黄花菜安全越冬。黄花菜追施冬肥要掌握以下四点。 施冬肥的时间应在黄花菜地上部分停止生长经霜后凋萎时进行。
施肥要以有机肥为主黄花菜进入冬季后，根系吸收能力大为减弱，而有机肥料的养分分解缓慢，施用有机肥料有利于黄花菜的持久吸收，为来年春苗抽薹贮备足够的营养。
施肥量必须充足冬肥的用量，应根据土壤的肥力及肥料的种类而定，一般每亩施腐熟猪牛粪1500~2000公斤，或人粪尿1000公斤以上，或饼肥40~60公斤，或优质堆肥2000~2500公斤，并配合适量磷肥。条件好的可以多与肥料混施，如先施人粪尿，后施猪牛粪等。
讲究施肥方法可于丛距之间，也可于行间，距株从10厘米处，开宽15~20厘米、深15厘米的施肥穴（肥料多的，施肥穴应加深放宽），进行深施，施后覆土，以提高肥效。