芹菜菌核病可危害叶片、叶柄和茎。一般叶片首先发病，呈暗色污斑，潮湿时表面密生白色霉层。然后向下蔓延引起叶柄和茎发病。受害部位呈褐色水渍状，速度大时形成软腐，表面长出白色菌丝，最后茎组织腐烂呈纤维状茎内中空，形成鼠粪状黑色菌核。当前，已进入秋季，昼夜温差大，有利于该病发生，一定要引起高度注意，做到早发现，早防治，减轻损失。
发病规律子囊孢子借风雨传播，侵染生活力衰弱的老叶，带病的叶片与健壮叶、茎接触可使菌丝蔓延传播。高温高湿，有利于该病的发生和流行。芹菜连茬或与易发生菌核病的十字花科蔬菜连茬容易发病。雨季排水不良，偏施氮肥发病重。
防治方法1.农业防治。实行三年以上轮作。播前进行种子消毒。雨季及时排水，降低田间湿度。及时把病叶清除出田间，集中深埋，严防病菌扩散。2.药剂防治。发病初期开始喷洒70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或65%甲霉灵可湿性粉剂1000倍液，5～7天喷1次，连续防治2～3次。以上农药交替使用，可避免产生抗药性。